基于InDel標記的黃瓜種質(zhì)資源遺傳多樣性分析
| 摘要 | 為明確黃瓜自交系間的親緣關(guān)系，篩選適宜作雜交親本的種質(zhì)資源，利用InDel標記對48份黃瓜自交系進行遺傳多樣性分析。
結(jié)果表明，68對InDel標記中39對標記具有強多態(tài)性，在48份材料共檢測出79個等位基因，平均每對標記檢測到2.0256個等位基因，遺傳距離在0-0.9551的范圍，相似性系數(shù)在0.44-1，平均相似性系數(shù)為0.72，說明48份材料總體親緣關(guān)系較近，遺傳多樣性不夠豐富。
NTSYS2.1軟件聚類的結(jié)果表明，在相似性系數(shù)為0.44時，48份材料被劃分為2大類群，主要為密刺黃瓜和水果黃瓜，用Power Marker 3.25軟件進行樹狀圖分析，結(jié)果與NTYSYS聚類結(jié)果一致。研究結(jié)果為了解黃瓜種質(zhì)資源遺傳背景及親本組合的選配奠定基礎(chǔ)。
圖1. 標記InDel250對48份黃瓜種質(zhì)資源的電泳圖
從本實驗室前期開發(fā)出的10470個InDel標記中初步選擇68對InDel標記對48份黃瓜自交系進行分析，結(jié)果表明39對InDel標記具有強多態(tài)性。圖1為標記InDel250對48份黃瓜種質(zhì)材料擴增出兩個等位基因的電泳圖。
圖2. 48份黃瓜資源聚類分析
采用NTSYS 2.1軟件中的UPGMA對48份黃瓜種質(zhì)資源進行聚類分析作圖，結(jié)果見圖2．在相似系數(shù)為0.44時，將黃瓜種質(zhì)劃分為2個類群，第1類群包括D1、D2、D3、D12、D5等31份材料，且大部分密刺黃瓜被聚為此類；第2類群包括X1、X3、X7、X4、X11等17份材料，且該類群76.5%為水果黃瓜；白綠黑刺黃瓜、白綠稀刺黃瓜全部在第1大類群，2份白綠無刺黃瓜在第2大類群。
為了驗證NTYSYS軟件的分析結(jié)果，用Power Marker3.25軟件進行了聚類分析，發(fā)現(xiàn)48份黃瓜自交系也是被聚為2大類群（圖3），且聚類結(jié)果與上述NTSYS軟件分析結(jié)果完全一致。
圖3. 48份黃瓜資源聚類樹狀圖